La creación de la Academia en su primera época data de 1882 por decreto de 20 de febrero en la ciudad de Toledo, siendo disuelta en 1893 y pasando cada una de las Armas y Cuerpos a disponer de centros de formación independientes. En 1927 se recupera la figura de centro superior, estableciéndose su sede en la ciudad de Zaragoza. En 1931 es cerrada por el Gobierno de la Segunda República, siendo reabierta el 27 de septiembre de 1940, recien acabada la Guerra Civil.

La AGM es desde 2009 sede del Centro Universitario de la Defensa (CUD), adscrito a la Universidad de Zaragoza, en el que imparten clase 96 profesores civiles y 4 militares. En este centro se forman los cadetes del Centro Universitario de la Guardia Civil durante los dos primeros años, cursando una formacón básica del Grado de Ingeniería de Organización Industrial, pasando los dos cursos posteriores en el Centro Universitario de la Guardia Civil donde obtienen finalmente el Grado en Ingeniería de la Seguridad.